一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他