《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时局部落后国度迸发了一连串内战及民族抵触，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与